La integridad es un concepto compuesto que comprende de manera intrínseca, elementos como la transparencia, y la responsabilidad. Este concepto es relativo al Estado Social de Derecho y al sistema democrático, razón por la cual, las bases institucionales del Sistema Nacional de Integridad parten de la propia Constitución.
El CISNI orienta sus esfuerzos a la implementación del Sistema Nacional de Integridad a través de la implementación Plan Nacional de Integridad (PNI 2006 – 2010) la primera versión de este Plan, data del año 2000 y fue desarrollado a partir de ejes o áreas percibidas como más corruptas o con mayor vulnerabilidad a la corrupción. Conforme a los estudios sobre desempeño institucional, gobernabilidad y corrupción, realizado en el año 1999 las tres áreas identificadas fueron Aduanas, Contrataciones Públicas y Justicia.
Por otra parte, en el convencimiento de la necesidad de la existencia de instancias que impulsen el desarrollo de medidas de integridad tendientes a la instalación, desarrollo y consolidación de Sistemas de integridad al interior de las organizaciones del Estado, el CISNI impulsa la creación de Unidades de Transparencia, al interior de las mismas.