El Programa Umbral Fase II, pretende apoyar los esfuerzos del gobierno de Paraguay en la lucha contra la corrupción y la impunidad y promover el Estado de Derecho.  El Programa tendrá una duración de 2 años y será financiado con una donación de 30.3 millones de dólares americanos de la Corporación Desafío del Milenio (MCC por sus siglas en inglés) del Gobierno de los Estados Unidos, y administrado por la Agencia del Gobierno de los Estados Unidos para el Desarrollo Internacional (USAID) en Paraguay.

Es importante señalar que el Paraguay es uno de los pocos países en el mundo que ha sido seleccionado para una Segunda Fase del Programa Umbral.  Esto debido a que durante la Primera Fase del plan, el país ha demostrado avances muy significativos en el cumplimiento de los indicadores de Estado de Derecho y lucha contra la corrupción, que son tenidos en cuenta para calificar para el programa principal de MCC, llamado “Compacto”.  El Programa Compacto permitiría al Paraguay ser beneficiario de una donación de hasta 500 millones de dólares.

Cabe resaltar que la reducción de la percepción negativa sobre el Poder Judicial en cuanto a la corrupción institucional, verificada por la encuesta de Transparencia Paraguay, coincide con el tiempo de implementación de diversos programas institucionales que apuntan al fortalecimiento del Poder Judicial, el incremento de la eficiencia, el mejoramiento de la transparencia y la lucha contra la corrupción.

Esta Segunda fase del Programa se basa en los éxitos y las lecciones aprendidas durante la Primera Fase con un fuerte énfasis en perfeccionar los mecanismos de control interno en entidades públicas claves, así como en la investigación y prosecución de casos de corrupción.  

Entre las instituciones que participarán en la implementación del programa se encuentran: el Ministerio Público, el Poder Judicial, la Contraloría General de la República, los ministerios de Hacienda, de Salud, de Industria y Comercio, del Interior, el Congreso Nacional,, la Dirección Nacional de Aduanas, y la Policía Nacional. La Segunda Fase del Programa Umbral estará bajo la dirección y coordinación general del ministro de Hacienda, doctor Dionisio Borda.

En esta segunda fase se destaca la función de la comunicación, que sería como un apoyo para el proyecto y que la percepción de la ciudadanía sea más favorable respecto a la reducción de corrupción e impunidad del Poder Judicial.